Em Paris, morreu em 3 de Julho de 1971, na banheira, com a idade de 27 anos. Muitos fãs e biógrafos especularam sobre a causa da morte, se teria sido por overdose, ou possivelmente um assassinato feito pelas autoridades do governo americano. Morrison referiu-se a si próprio como sendo o nº 3, a morrer misteriosamente, tendo sido os dois primeiros Jimi Hendrix e Janis Joplin. O relatório oficial diz que foi “ataque de coração” a causa da sua morte. Está sepultado no famoso cemitério do Père-Lachaise em Paris. Devido a atos de vandalismo de alguns fãs, por diversas vezes a associação de amigos do cemitério sugeriu que o corpo fosse transferido para outra necrópole. Alguns fãs acham que Morrison forjou a sua morte, para conseguir escapar à fama e popularidade. Teóricos da conspiração referem-se ao facto que a sua namorada de longa data, Pamela Courson, ter dito que Morrison estava apenas cansado e a repousar num hospital, dizem também que muito poucas pessoas terão visto o corpo de Morrison antes do funeral e que ele teria brincado meses antes com os outros membros da banda, dizendo que ia fugir para África.Também há uma teoria de que fugiu para as Bahamas e que esteve, ou está, trabalhando num bar . John Densmore, baterista dos Doors, terá dito que achava a campa muito pequena. Histórias mais recentes afirmam que terá sido visto vivo, e levando uma vida de cowboy, e o realizador Gerald Pitts clama tê-lo descoberto num rancho em 1998. Para alguns, Morrison foi um rebelde psicodélico, para outros um deus do rock.
